Γεννήθηκε στην Ύδρα στις 20 Μαϊου 1769. Το πραγματικό του όνομα ήταν Ανδρέας Βώκος, γιος του Δημητρίου Βώκου. Ο πατέρας του ήταν εμποροπλοίαρχος και καταγόταν από τα Φύλλα και εγκαταστάθηκε τελικά στην Ύδρα.
Ένας από τους προγόνους του καπετάν Δημήτρη Βώκου έφτασε στα μαχαίρια με τους Τούρκους. Αναγκάστηκε έτσι η γενιά των Βωκαίων, από τον παππού - ίσως και πιο πέρα - του καπετάν Δημήτρη, το 1668, να φύγει και να κρυφτεί, πρώτα στο ερημονήσι Δοκό και ύστερα να περάσει στην Ύδρα.
Ο Ανδρέας Μιαούλης από μικρός ασχολήθηκε με το ναυτικό επάγγελμα και σε ηλικία μόλις 16 ετών έγινε κυβερνήτης του οικογενειακού εμπορικού πλοίου.
Κατά τη διάρκεια των Ναπολεόντειων Πολέμων διέσπασε αρκετές φορές τον αγγλικό αποκλεισμό, κέρδισε πολλά χρήματα από το εμπόριο, ναυπήγησε δικά του πλοία και αντιμετώπισε πειρατές.
Στην Επανάσταση του 1821 ορίστηκε συναρχηγός της υδραίικης ναυτικής μοίρας μαζί με τον Ιάκωβο Τομπάζη και τον επόμενο χρόνο τον διαδέχτηκε στην αρχηγία του στόλου.
Το πρώτο του ανδραγάθημα πραγματοποιήθηκε στη ναυμαχία της Πάτρας στις 20 Φεβρουαρίου 1822.
Αλυσίδα ολόκληρη από ναυμαχίες, μικρές και μεγάλες ναυτικές επιχειρήσεις συνθέτουν τον πίνακα της δράσης του. Στη Χίο στις 19 Μαϊου 1822, έξω από τις Σπέτσες, στις 8 Σεπτεμβρίου 1822, στη Μυτιλήνη και σε άλλα σημεία του Βορ. Αιγαίου το 1823, στα Ψαρά, στις 3 Ιουλίου 1824, στο Γέροντα, στις 29 Αυγούστου 1824, έξω από τη Σάμο, στις 6 Σεπτεμβρίου 1824, μέσα στο λιμάνι της Μεθώνης, στις 30 Απριλίου 1825, στη Σούδα κι έξω από το Μεσολόγγι, ιδιαίτερα όταν άρχισε η μεγάλη έλλειψη τροφών στη φρουρά. Πάσχισε με κάθε μέσο να βοηθήσει την πολιορκημένη πόλη. Πέτυχε να περάσει ποσότητα τροφίμων στις 20 Νοεμβρίου 1825, αλλά δεν μπόρεσε να κάνει το ίδιο και στις 1 Απριλίου 1826 και το Μεσολόγγι έπεσε ύστερα από 10 μέρες.
Ο Καποδίστριας, που τον εκτιμούσε ιδιαίτερα, του ανέθεσε την αρχηγία του στόλου του Αιγαίου, αλλά στη συνέχεια υπήρξε από τους πρωτεργάτες της αντικαποδιστριακής κίνησης και έφτασε στο σημείο να διατάξει την πυρπόληση των ελληνικών πλοίων στο λιμάνι του Πόρου, ενέργεια που τον στιγμάτισε. Ορίστηκε μέλος της επιτροπής που μετέβη στο Μόναχο για να προσφέρει την αφοσίωση του έθνους στον Οθωνα, από τον οποίο διορίστηκε αρχηγός του Ναυτικού Διευθυντηρίου και γενικός επιθεωρητής του στόλου. Το 1834 έγινε σύμβουλος της επικρατείας.
Πέθανε στην Αθήνα στις 11 Ιουνίου 1835 και τάφηκε στον Πειραιά στην Ακτή που ονομάστηκε έκτοτε Ακτή Μιαούλη.